Конфликт библиотек может быть. Например prototype, mootools и jquery не работают вместе. Для того, чтобы они работали, первым делом подключаешь другую библиотеку, например жквери, затем подключаешь мутулз и после него жквериноконфликт
Примерно это будет выглядеть так:
Код
<script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/jquery-1.8.1.js"></script>
<script type="text/javascript">
var j = jQuery.noConflict();
</script>
<script type="text/javascript" src="./scripts/mootools.js"></script>
Ну и функции жквери уже вызываешь не через $() а через j()
Хотя, написал я это всё наврено зря =)))