Так же выявил следующие проблемы:

1. Не работают групповые операции удаления алиасов в типах игр. Если удалять по одному, то удаление происходит. Однако в конце концов остаётся хотя бы один алиас, который не удаляется.
2. Не работают привелегии на серверы: Смена карты и Отправка сообщения в чат. Данные поля отображаются даже при отключённом состоянии.

P.S: можно ли в будущем сделать, чтобы при создании сервера вывод алиасов происходил автоматически ? То есть при создании выбираешь модификацию игры и тебе сразу же предлагается скажем ввести количество игроков на сервере, карту по-умолчанию, фпс, и т.д.

Очень удобно и не нужно каждый раз лазить в настройки и редачить команду запуска для того или иного сервера.

Совершенно верное замечание. Полагаю, что вся память у тебя к кэше и это нормальное явление для Linux.
Если у сервера высокий аптайм, то иногда пользуйся командой: sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

Команда актуальна для красной шапки и подобных.

Хорошее было начало, однако ценовая политика не оправдала ожиданий.

ОС какая ?

P.S: если система на основе debian, то /etc/apache2/apache2.conf

Логично предположить, что включён open_basedir для защиты директории.
Судя по иерархии каталогов на сервере используется ISP manager, в этом случае ручками правь /etc/httpd/conf/httpd.conf
Ну и про владельца не забывай.

Посмотрите требования скрипта: http://www.gameap.ru/requirements/