Решение для Debian 6.0, Ubuntu 12.04, Gentoo 12.1 и выше после обновлений:

Открываем файл hlds_run.

После: # setup the libraries, local dir first! дописываем:
export LD_PRELOAD="./libgcc_s.so.1"
export LD_PRELOAD="./libstdc++.so.6"

Сохраняем файл.

Перезапускаем сервер и dproto снова заработает, хоть с новым, хоть со старым Metamod.